桃夭带着小和尚来到京师，却发现城中的每一只妖都背负着被人类背叛的往事。
桃夭和磨牙终于抵达京师，却发现这座繁华都城弥漫着异常浓郁的妖气。茶馆里的说书人讲的不是英雄故事，而是“妖食人”的恐怖传说。桃夭一边给人看病，一边暗中记录百妖谱的缺失篇章。她遇见了被书生辜负的纸妖、被工匠毁约的石灵、被朝廷灭门的狐族遗孤。每一个求助的妖，背后都是人类先背叛了誓言。而更令她震惊的是，京师地下封印着一只上古大妖，而封印即将被仇妖的人类将军主动打破，想利用大妖灭尽天下妖类。桃夭必须在人类与妖族之间找到第三条路。本季延续了系列一贯的温柔与残酷并存，泪点密集，尤其在第七集“纸鸢之约”，无数观众破防。
百妖谱系列从未失手，京师篇在美术上全面升级，京城街景美到每一帧都能做壁纸。故事内核更加成人化，讨论了信任与背叛的边界。桃夭这个角色越来越有厚度。
▶
九个平行宇宙里的同一名警探，同时收到了一条来自第九维度空间的求救短信。
▶
从安徽到上海，年轻男孩为了还债在街头出卖身体，却意外遇到了初恋。
▶
一位放屁奇臭无比的失败教师，意外发现自己的“毒气”能让学生考满分，从而引发校园风暴。
▶
一档濒临停播的深夜电台，一个神秘的匿名电话，串联起都市夜归人彼此交织的秘密与救赎。
▶
发誓再也不碰渣男的城市女白领，给自己写下十条恋爱铁律，结果第一条就被破功。
▶
一本神秘的武功秘籍重现江湖，引出了三个师兄弟之间跨越二十年的爱恨纠葛与生死对决。
▶
二十年过去，当年的六位老友因一场葬礼重聚，却发现彼此的生活比年轻时更乱。
▶
通缉犯挟持青梅竹马一路向南逃亡，却发现她偷偷扔掉了他的所有逃跑路线。